[17] limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies

2015

limma는 유전자 발현 실험 데이터를 분석하기 위한 통합 솔루션을 제공하는 R/Bioconductor 소프트웨어 패키지다. 복잡한 실험 설계와 작은 샘플 크기의 문제를 극복하기 위한 information building에 대한 enrichment function을 포함하고 있다. 지난 10년 동안 limma는 microarray 및 high-through put PCR 데이터의 differential expressed analysis를 통한 유전자 발견에 대한 인기 있는 선택지였다. 이 패키지는 특히 이러한 데이터의 읽기, 정규화 및 탐색을 위한 강력한 function을 포함하고 있다. 최근에 limma의 기능은 두 가지 중요한 방향으로 크게 확장되었다. 첫째, 이 패키지는 이제 RNA 시퀀싱 (RNA-seq) 데이터의 differential expresison 및 differential splicing analysis를 수행할 수 있다. Microarray 데이터에 제한되어 있던 모든 downstream analysis tool은 이제 RNA-seq에도 사용할 수 있다. 이러한 기능을 통해 사용자는 매우 유사한 파이프라인으로 RNA-seq 및 마이크로어레이 데이터를 분석할 수 있다. 둘째, 이 패키지는 이제 전통적인 유전자별 발현 분석을 넘어 유전자 집합의 공동 조절된 세트 또는 high-through put expression signal의 관점에서 발현 프로파일을 분석할 수 있다. 이는 유전자 발현 차이의 생물학적 해석에 대한 향상된 가능성을 제공한다. 이 논문은 limma 패키지의 철학과 설계를 검토하며, 새로운 기능 및 역사적인 특징을 요약하며, 특히 최근에 묘사되지 않았던 향상된 기능에 중점을 두고 있다.

Comments

24547 cited paper이다. Microarray의 분석에서 limma를 표준처럼 사용해왔다. 익숙하고 해석하기 용이한 limma를 RNAseq data에서도 사용 가능하게끔 voom transformation과 같은 기법을 포함하여 여러 기능을 소개하였다.

 

Original paper

https://academic.oup.com/nar/article/43/7/e47/2414268

limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies