Dataflow

Cell image 얻을 수 있는 사이트. (찾는대로 업데이트 예정) https://idr.openmicroscopy.org/ IDR: Image Data Resource idr.openmicroscopy.org https://bbbc.broadinstitute.org/image_sets Broad Bioimage Benchmark Collection bbbc.broadinstitute.org

pycytominer, cell의 image (morphology) 를 보며 분석을 진행하는데 필요한 preprocessing을 하게하는 python 라이브러리다. Issue 라이브러리를 불러올 때, import pycytominer 아래와 같은 에러가 발생한다. ImportError: cannot import name 'median_absolute_deviation' from 'scipy.stats' (/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/scipy/stats/__init__.py) 이는 scipy.stats version이 1.5.0 이상으로 넘어가며 함수명이 "median_absolute_deviation" 에서 "median_abs_deviation"로 변경됨에 ..

2017 이미지 기반 세포 프로파일링은 다양한 세포 집단 간의 표현형 차이를 정량화하기 위한 전략이다. 이는 화학적, 유전적 perturbation을 사용하여 대규모로 생물학적 시스템을 연구할 수 있는 길을 열어준다. 이 기술의 일반적인 작업 흐름에 처리량이 높은 현미경 시스템을 통한 이미지 획득과 후속 이미지 처리 및 분석이 포함된다. 여기에서는 현미경 이미지 모음에서 고품질 이미지 기반 (morphological) 프로파일을 생성하는 데 필요한 단계를 소개한다. 우리는 생물학적 발견을 추구하기 위해 이미지 기반 세포 프로파일링 방법론을 개선하고 있는 전 세계 20개 실험실의 경험을 바탕으로 데이터 분석 프로세스의 각 단계에서 유용하다고 입증된 기술을 권장한다. 권장되는 기술은 다양한 생물학적 목표, ..