Dataflow

2015 limma는 유전자 발현 실험 데이터를 분석하기 위한 통합 솔루션을 제공하는 R/Bioconductor 소프트웨어 패키지다. 복잡한 실험 설계와 작은 샘플 크기의 문제를 극복하기 위한 information building에 대한 enrichment function을 포함하고 있다. 지난 10년 동안 limma는 microarray 및 high-through put PCR 데이터의 differential expressed analysis를 통한 유전자 발견에 대한 인기 있는 선택지였다. 이 패키지는 특히 이러한 데이터의 읽기, 정규화 및 탐색을 위한 강력한 function을 포함하고 있다. 최근에 limma의 기능은 두 가지 중요한 방향으로 크게 확장되었다. 첫째, 이 패키지는 이제 RNA 시퀀싱..

2007 배치효과는 실험의 목적인 생물학적인 차이로 인하지 않은 효과이며, 마이크로어레이 실험에서 종종 관측된다. 이로인해 이러한 배치로부터의 데이터 결합 작업이 어려워진다. 마이크로어레이 데이터 세트를 결합할 수 있는 능력은 연구자들에게 필요하며, 이로써 표본 크기를 제한하는 논리적 고려사항이나 어레이의 순차적인 결합을 필요로하는 연구에서 생물학적인 현상을 검출하는 통계적 검정력을 증가시킬 수 있다. 일반적으로 배치효과를 조정하지 않고 데이터 세트를 결합하는 것은 부적절하다. 데이터에서 배치효과를 걸러내기 위한 방법들이 제안되었지만, 이러한 방법들은 종종 복잡하며 25 이상의 대규모의 배치크기가 필요하다. 대부분의 마이크로어레이 연구는 매우 작은 표본크기를 사용하므로, 기존의 방법들은 충분치 않다. 우..