Dataflow

반응형 그래프를 쓰고싶어요! R에서 생성한 ploty figure를 tistory에 삽입하고 싶다. Python으로 그린 plotly 삽입하는 방법을 쉽게 적용 가능하도록 설명해주신 블로그(감사합니다!)를 참고하여, R에서도 그대로 plotly object를 json으로 바꾸어 진행해보았다. Code R plotly to json plotly_json(p = last_plot(), jsonedit = interactive(), pretty = TRUE) HTML에 넣기 이게 처음 몇번의 상호작용은 가능하지만, 중간에 멈춰버린다... ㅠㅜ References https://mizykk.tistory.com/50 [plotly] 티스토리/웹페이지에 반응형 그래프 올리기 티스토리에 글을 쓰다보니 반응형 그래프..

일반적으로 Ubuntu server에서 docker를 사용하는, 새로운 GPU 환경에서 작업을 시작했다. 그 과정에서 잘 돌아가던 코드에서 갑자기 GPU 인식을 못하는 warning이 발생했다. 조사를 해보니, GPU 인식 문제는 보통 cuda와 torch의 version차이 때문에 발생한다 한다. 처음에는 작동을 잘 했기에 다른 문제인것 같은데... 우선 확인해보면 아래와 같이 호환되는 버젼이라 문제는 없었다. # Cuda version torch.version.cuda '11.7' # torch version torch.__version__ '2.0.0+cu117' 호환 확인은 아래의 사이트에서 가능하다. https://pytorch.org/get-started/previous-versions/ Py..

예전에 notion으로 정리해둔 개념(본문 가장 아래 영어로 정리된 부분)을 옮기고 한글로 요약한 포스터입니다. GSEA GSEA는 유전자 집합의 표현형에 대한 유의성을 검정하기위한 방법론으로, 단순함과 해석력을 바탕으로 많은 생물(정보)학자에게 사랑을 받아왔다. Modified Kolmogorov-Smirnov statistic을 사용하여, 통계분석을 가능하게하는데, 자세한 내용은 아래의 링크를 참고 바란다. https://jaehong-data.tistory.com/16 Gene Set Enrichment Analysis 예전에 notion으로 정리해둔 개념(본문 가장 아래 영어로 정리된 부분)을 옮기고 한글로 요약한 포스터입니다. 정리 Gene Set Enrichment Analysis Gene S..