Dataflow

2021 Abstract Summary 이미지 기반 프로파일링이라는 건, 생물학적 이미지 속 풍부한 정보를 다차원 프로파일로 줄이는 거임. 이 프로파일은 이미지에서 뽑아낸 특성 모음이고, 이를 통해 유용한 패턴을 찾아내서 약물 발견 과정에서 중요한 역할을 할 수 있음. 이 방법으로 질병과 관련된 표현형을 찾거나, 질병의 작동 원리를 이해하고, 약물이 어떻게 작용할지 예측하는 데 쓸 수 있음. 최근에 이런 방법이 학계나 제약 산업에서 검증되어서 실제로 쓰이기 시작함. 몇몇은 의미없는 결과도 있었지만, 이미지 정보를 더 잘 활용하는 머신러닝 기술이 발전하며 다시 주목받고 있음. 여전히 해결해야 할 문제들이 있긴 한데, 딥러닝이나 single cell분석 같은 새로운 기술이 이미지 속 생물학적 정보를 더 잘 ..

2016 (Protocol) Abstract summary Morphological profiling에서는 세포의 현미경 이미지로부터 양적 데이터를 뽑아내서, 이걸로 샘플들 사이에 생물학적으로 뭔가 중요한 걸 찾아냄. 본 프로토콜을 Cell Painting이라고 하는데, 여섯 개의 형광 염료를 다섯 채널에서 이미징해서 여덟 가지 크게 중요한 세포 구성 요소나 세포기관을 보여주는 방식임. 대충 1,500개의 형태학적 특성을 측정해서 미묘한 표현형을 찾아내는 디테일한 프로파일을 만듦. 이렇게 다양한 실험적 조작을 받은 세포들의 프로파일을 비교해보면, 화학적이나 유전적 조작이 어떤 표현형 영향을 주는지, 화합물이나 유전자를 기능적 경로로 분류하거나, 질병의 특징을 찾아낼 수 있음. 결국 Cell Paintin..

2017 이미지 기반 세포 프로파일링은 다양한 세포 집단 간의 표현형 차이를 정량화하기 위한 전략이다. 이는 화학적, 유전적 perturbation을 사용하여 대규모로 생물학적 시스템을 연구할 수 있는 길을 열어준다. 이 기술의 일반적인 작업 흐름에 처리량이 높은 현미경 시스템을 통한 이미지 획득과 후속 이미지 처리 및 분석이 포함된다. 여기에서는 현미경 이미지 모음에서 고품질 이미지 기반 (morphological) 프로파일을 생성하는 데 필요한 단계를 소개한다. 우리는 생물학적 발견을 추구하기 위해 이미지 기반 세포 프로파일링 방법론을 개선하고 있는 전 세계 20개 실험실의 경험을 바탕으로 데이터 분석 프로세스의 각 단계에서 유용하다고 입증된 기술을 권장한다. 권장되는 기술은 다양한 생물학적 목표, ..