[Python] Cytominer Import Error

pycytominer, cell의 image (morphology) 를 보며 분석을 진행하는데 필요한 preprocessing을 하게하는 python 라이브러리다.

 

Issue

라이브러리를 불러올 때,

import pycytominer

아래와 같은 에러가 발생한다.

ImportError: cannot import name 'median_absolute_deviation' from 'scipy.stats' (/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/scipy/stats/__init__.py)

이는 scipy.stats version이 1.5.0 이상으로 넘어가며 함수명이 "median_absolute_deviation" 에서 "median_abs_deviation"로 변경됨에 따라 생기는 에러이다. Taceback 결과 패키지 폴더의 하위모듈 "transform.py"의 12번째 line을 고쳐주면 해결된다. (간단하다보니 vi로 빠르게 바꾸고왔다.) Pull request를 위해 문제되는 모듈의 git repository에 가보니, 분명 제대로 고쳐져 있었다. 하지만 아직은 pip을 통한 cytominer 다운 시 해당 문제가 발생되는 이전 버젼의 것이 다운받아지나보다. 

 

References

https://github.com/cytomining/pycytominer

GitHub - cytomining/pycytominer: Python package for processing image-based profiling data