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metagenome data 1

ZIBseq

Intro Microbiome data 분석 역시 그룹간 유의미하게 다른 microbiome을 찾는것이 정말 중요하다. 참고로 Differentially Expressed Genes (DEG) 를 찾는 과정과 매우 유사하며, microbiome자료 에서는 유의미하게 다른 microbiome을 주로 Differential Abundance Features (DAFs) 라고 부른다. Microbiome data는 ASV나 OTU를 사용하는데, 결국 tabluar count data이기 때문에 기존의 RNAseq 분석 방법과 크게 다르지 않다 생각할 수 있다. 때문에 이전 포스터에서 소개한 edgeR과 DESeq2도 DAFs를 찾는데 사용이 가능하지만, microbiome의 생물학적 특성에 맞는 다른 여러 방..

정리 조금/Bioinformatics & Biostatistics 2023.01.12
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개념 조금과 마주치는 문제상황을 기록하는 일기장같은 블로그입니다 #통계 #생물정보학 #기계학습

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Gene set, cmap, Federated Learning, F1 Score, PAEA, r, L1000, image, Characteristic Direction, Drug repurposing, QDA, rnaseq, Microarray, LDA, virtual environment, GSEA, Python, Split Learning, Deg, enrichment,

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