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[3] Literature-based discovery of new candidates for drug repurposing

2016 약물 개발은 비용과 시간이 많이 드는 과정이다; 이러한 것들은 이미 존재하는 자원들이 약물 재조합을 위한 후보군으로 규정되는 것 만으로도 줄어들 수 있다. 이 연구는 서로 다른 암종에 대한 활요오딘 약물 목록을 선별하기 위해 큰 규모의 문헌 정보에 대한 텍스트 마이닝을 통해 수행되었다. 우리는 문헌에서 질병-유전자 또는 유전자-약물의 직접적인 관계를 추출하기 위해 해턴 기반의 관계 추출방법을 고안했다. 이런 직접적인 관계는 ABC 모델을 사용하여 간접적인 관계를 추론하는 데 사용된다. 유사한 약물 대상을 기반으로 A gene-shared ranking 방법을 제안하여 직접적인 관계를 순위화 했다. 우리의 약물 대상 유사성 평가 방법은 기존의 anatomical therapeutic chemica..

[1] Drug-set enrichment analysis: a novel tool to investigate drug mode of action

2015 자동화된 약물 스크리닝 접근법은 많은양을 small molecular 자료로부터 신속하게 원하는 표현형을 식별 할 수 있게한다. 하지만, 후보 분자군은 약리학적으로 매우 다양하기 때문에 약물 기작에 대한 통찰은 매우 제한적이다. 본 논문에서는 Drug-set enrichment analysis(DSEA) 라는 방법을 소개한다. 이 방법은 약물 집합이 타겟으로 하는 pathway를 식별 가능하게 한다. DSEA는 관심 표현형과 관련없는 약물 특이적인 효과를 희석함으로 표현형 특이적인 pathway를 주목하게 하여, 약물집합의 기작에 관한 가설을 세우는데 도움을 준다. 본 논문에서는 약리학적으로 연관된 5가지의 다른 약물 집합을 분석하여 이 방법을 검증했다. 그 후, DSEA를 적용하여 낭포성 섬유..