2021
Connectivity Map (CMap)은 대규모의 전사체 자료를 사용하여 데이터 기반의 drug repurposing에 활용되는 data resource이다. 하지만, 이는 제한적인 성능평가를 갖는다. 우리는 CMap의 두가지 버젼인 CMap1과 CMap2의 비교 및 신뢰성을 평가하기 위해 두 차례의 시도를 하였다. CMap1에서 유래된 signature를 사용하여 CMap2에 쿼리를 주어 그 화합물을 높은 우선순위로 처리할 것을 기대했지만, 성공률은 17%에 불과했다. 이전에 발표된 우선순위 지정 분석은 유사한 결과를 보였다. 낮은 recall은 각각의 CMap에서의 낮은 differential expression (DE) 재현성을 보이기 때문이다. DE 강도는 재현성을 예측하는 데 영향을 미치며, 화합물의 농도와 세포주의 응답성에 영향을 받는다. CMap2 샘플 발현 수준의 재현성도 예상보다 낮았다. 우리는 세번째 데이터셋과 비교하여 더 나은 CMap을 식별하려 시도했지만, 서로 불일치했다. 우리의 연구결과는 CMap 사용에 대한 영향을 미치며, 연구원들이 위양성 결과를 제한하기 위한 단계를 제안한다.
Comment
이 논문에서 말하는 CMap1과 CMap2는 각각 CMap build02 와 LINCS L1000 자료이다.