[15] 번째로 읽은 논문의 초록을 다시 보고 정리함.
https://jaehong-data.tistory.com/38
[15] L1000CDS2: LINCS L1000 characteristic direction signatures search engine
2016 The library of integrated network-based cellular signatures (LINCS) L1000 데이터 세트는 현재 백만 개 이상의 chemically activated human cell line 유전자 발현 프로필로 구성되어 있다. 고유한 여러 내제 및 외재적인
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초록
- LINCS L1000 data set: Chemically perturbated human cell line의 백만 개 이상의 gene expression profile 포함.
- Characteristic Dorection(CD) 방법 사용으로 MODZ(기존 L1000의 level 5, Spearman correlation coefficient 사용) 방법과 비교하여 signal to noise ratio향상.
- $L1000CDS^2$ 검색 엔진: CD 처리된 L1000 signature에 액세스하기 위한 최첨단 웹 기반 도구.
- 기능: Small molecule signature를 우선적으로 설정하고 gene expression에 미치는 효과를 예측하며 약물 타겟을 식별.
- 타겟 예측: L1000 small molecule signature와 포유 동물 세포의 single-gene perturbations에 대한 GEO에서 추출한 signature 간의 cosine similarity를 사용.
- 응용: Disease signature를 reverse할 것으로 예측되는 그리고 L1000 assay profiled 된 22개의 endogenous ligand expressions을 모방하는 small molecules를 우선적으로 설정.
- 사례 연구: Kenpaullone을 Ebola infection의 잠제적인 억제제로 식별.
- 전반적으로: $L1000CDS^2$는 LINCS L1000 resource에서 정보 추출을 향상시키며 다양한 연구 맥락에서 응용 가능
https://www.nature.com/articles/npjsba201615