Dataflow

pycytominer, cell의 image (morphology) 를 보며 분석을 진행하는데 필요한 preprocessing을 하게하는 python 라이브러리다. Issue 라이브러리를 불러올 때, import pycytominer 아래와 같은 에러가 발생한다. ImportError: cannot import name 'median_absolute_deviation' from 'scipy.stats' (/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/scipy/stats/__init__.py) 이는 scipy.stats version이 1.5.0 이상으로 넘어가며 함수명이 "median_absolute_deviation" 에서 "median_abs_deviation"로 변경됨에 ..

새로운 리눅스 환경에서 파이썬을 사용하기 전, 가상환경 설정을 시도했다. pip3 install virtualenv virtualenv venv source venv/bin/activate 이렇게 설정하자, 아래와 같은 에러 발생. /usr/bin/sh: 15: source: not found Windows를 제외한 수 많은 운영체제는 UNIX에서 영향을 받아 시작되며, linux를 포함한 이러한 운영체제들을 UNIX-like os 라고 한다. IEEE에서 제정한 UNIX의 API규격인 POSIX standard는 UNIX-like os가 따르는 규격이다. Linux 환경에서도 마찬가지로 POSIX를 따르는데, POSIX에서는 "source"대신 . (a single dot) 이 사용된다. . venv/..

최근 connectivity map (CMAP)의 rank information만 아니라, fold change의 값을 알아야 하는 일이 생겼다. 때문에 CMAP original data를 찾기위해 인터넷을 뒤졌다. 여러 커뮤니티에서 MIT broad institute site에서 찾을 수 있을거라 하지만, 결국 알 수 없는 페이지만 보게된다. https://portals.broadinstitute.org/cmap/ 그러다 아래 논문에서 먹음직스러워 보이는 URL(ftp://ftp.broad.mit.edu/pub/cmap/ratioMatrix.txt)을 발견했다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8413422/#Sec10 Evaluation of conne..