Dataflow

[15] 번째로 읽은 논문의 초록을 다시 보고 정리함. https://jaehong-data.tistory.com/38 [15] L1000CDS2: LINCS L1000 characteristic direction signatures search engine 2016 The library of integrated network-based cellular signatures (LINCS) L1000 데이터 세트는 현재 백만 개 이상의 chemically activated human cell line 유전자 발현 프로필로 구성되어 있다. 고유한 여러 내제 및 외재적인 jaehong-data.tistory.com 초록 LINCS L1000 data set: Chemically perturbated human ..

용어 Packet: Packet(패킷)은 pack과 bucket의 합친 말로, 네트워크가 전달하는 데이터의 정형화된 조각이다. 조각내어 보내는 이유는 트래픽이 많아지는 현상을 방지하기 위함. (대역폭이라는 개념이 들어감) 깊게들어가면 어려우니, 이정도만 알아두자. Forwarding: Forwarding은 패킷을 받으며, 보내는 작업을 하는 작은 개념이다. Routing: Routing은 패킷이 그 패킷의 header에 쓰여있는 목적지 까지 갈 수 있도록 경로(route)를 찾는 과정으로, forwarding을 할 수 있게 갱신하는 작업이다. Redundancy와 fault tolerance에 대한 내용이 아래 잘 나와있으니 읽어보자, 재미있다. https://www.khanacademy.org/comp..

2018 Motivation 복잡한 질병에서 대규모 genomic, epigenetic and proteomic 데이터의 이용으로 새로운 치료 대상을 객관적으로 찾을 수 있음. Connectivity Map은 기존 약물의 새로운 표적을 찾는 데 널리 사용되나, 기존 방법의 정확도가 낮음. Result Expression weighted cosine (EWCos) 방법 도입으로 비정보성 발현 변화의 영향 최소화. EWCos와 기존 최신 방법을 통합하는 'Ensemble of Multiple Drug Repositioning Approaches' (EMUDRA) 개발. EMUDRA는 시뮬레이션 및 독립 평가 데이터셋에서 개별 약물 재조합 방법보다 우수한 성능을 보임. EMUDRA를 사용하여 항생제 rifab..

종종 여러 문제로 Docker를 재시작 해야한다. 나는 주로 아래 포스트한 내용으로 재시작한다. https://jaehong-data.tistory.com/45 Docker, GPU 인식 일반적으로 Ubuntu server에서 docker를 사용하는, 새로운 GPU 환경에서 작업을 시작했다. 그 과정에서 잘 돌아가던 코드에서 갑자기 GPU 인식을 못하는 warning이 발생했다. 조사를 해보니, GPU 인식 문제 jaehong-data.tistory.com 재시작 방법 먼저 재시작 하고싶은 container id를 알아내자. docker ps -a 그리고 id를 입력하여 재시작하면 끝. docker container restart [container id] 그림 출처 https://amalgjose.co..

논문 쓸 때마다 까먹는다... pip list Package Version ------------------------ ---------- aiofiles 22.1.0 aiosignal 1.3.1 aiosqlite 0.19.0 albumentations 1.3.0 anyio 3.6.2 argon2-cffi 21.3.0 argon2-cffi-bindings 21.2.0 arrow 1.2.3 art 5.9 asttokens 2.2.1 attrs 23.1.0 Babel 2.12.1 backcall 0.2.0 bcrypt 4.0.1 beautifulsoup4 4.12.2 bleach 6.0.0

CIFAR10 CIFAR10 이미지를 사용하려 이미지를 다운받아 읽어봤는데, plt.imshow(img.astype('uint8')) 아래와 같은 에러가 발생했다. TypeError: Invalid shape (3072,) for image data 우선 CIFAR10은 채널마다 32 $\times$ 32 의 픽셀로 표현되어있는 이미지 자료이다. 때문에 32*32*3=3072의 값이 에러에 보인다. Code 이 문제는 내가 받은 CIFAR10이 32 $\times$ 32 $\times$ 3 이런 모양이 아니라, 3 $\times$ 32 $\times$ 32의 모양으로 제공되기 때문에 발생한다. Torch에서도 이런 식으로 shape을 갖는다. 이 문제를 해결하고자 transpose라는 함수를 사용해 일반..

Intro Survival analysis, 한국어로 생존분석은 관심있는 사건이 발생하는 시간을 통계적으로 분석하는 방법이다. 생존이라 이름이 붙은 이유는, 일반적으로 의료 분야에서 환자의 사망까지 걸리는 시간에 대한 분석을 하기때문으로 생각된다. (뇌피셜임!) 때문에 꼭 사망을 관심있는 사건으로 보지 않아도 된다. 가령, 환자의 예후예측뿐 아니라, 고객의 상품에 대한 이탈 분석에도 사용이 가능하다. 이 포스터에서는 관심있는 사건을 사망으로 보며, 간단히 생존분석의 개념과 비모수 방법중 Kaplan-Meier 추정에 대해 알아볼 예정이다. 이 과목이 디테일하게는 대학원 이상의 수준을 다루고있어서 정보 손실의 최소화라거나, 다른 추정 방식 및 수학적 엄밀함을 포함하는 전반적인 내용은 따로 정리할 예정이다...

Pixel 픽셀은 디지털 이미지와 디스플레이를 구성하는 최소단위, Picture element의 약자다. 컴퓨터에서 이미지를 확대해보면, 아주 작은 네모와 그에 할당되어있는 색이 채워져있는걸 확인 할 수 있다. 각 픽셀은 8bit으로 표현 가능한 0 ~ 255 값을 갖는다. 이미지 자료는 보통 이러한 픽셀값의 집합으로 표현된다. 또한 이미지는 2차원의 모양이므로, 그에따라 하나의 2차원 행렬과 같은 모양이 digital image로 사용된다. 별다른 명시가 없다면 각 픽셀은 검정(0)부터 하얀색(255)사이의 값으로 무채색 이미지를 표현한다. Color 만약 색을 지정한 뒤 픽셀값을 준다면, 해당 색의 강도가 픽셀값에 따라 할당된다. 때문에 일반적으로 색을 표현하기 위해 픽셀당 여러 색의 값을 주고 섞으..

IBA1 Ionized Caldium-Binding Adapter Molecule 1 (IBA1) 은 이온화된 칼슘에 결합할 수 있는 단백질을 가리킨다. Allograft inflammatory factor 1 (AIF-1) 이라고도 알려져 있으며, human에서는 AIF1 유전자로 encoding 된다. 이 단백질은 원래 쥐의 심장 동종이식 만성 거부 모델에서의 atherosclerotic lesions 에서 발견되었으며, 이 때문인지는 몰라도 이름이 AIF-1이다. 주로 신경 손상, Central Nervous System (CNS) ischemia 및 여러 다른 뇌 질환 후에 microglia에서 up-regulate 된다. 연구의 목적에 따라 microglia를 염색하기위해 사용되기도 한다. Mi..

반응형 그래프를 쓰고싶어요! R에서 생성한 ploty figure를 tistory에 삽입하고 싶다. Python으로 그린 plotly 삽입하는 방법을 쉽게 적용 가능하도록 설명해주신 블로그(감사합니다!)를 참고하여, R에서도 그대로 plotly object를 json으로 바꾸어 진행해보았다. Code R plotly to json plotly_json(p = last_plot(), jsonedit = interactive(), pretty = TRUE) HTML에 넣기 이게 처음 몇번의 상호작용은 가능하지만, 중간에 멈춰버린다... ㅠㅜ References https://mizykk.tistory.com/50 [plotly] 티스토리/웹페이지에 반응형 그래프 올리기 티스토리에 글을 쓰다보니 반응형 그래프..